O Instituto de Desenvolvimento Sustentável da Amazônia - INDESA foi criado em 15 de maio de 2009 com a denominação de Agência de Educação Social e Ambiental de Marabá – Agência Entre Rios, e o objetivo de prestar serviços educacionais e assistenciais nas áreas socioeconômica e ambiental. Durante os anos de 2012 a 2014, ainda enquanto Agência Entre Rios, foram desenvolvidas diversas capacitações para a população carente do município de Marabá. Essas atividades tinham como objetivo o desenvolvimento profissional de atividades como: pedreiro, cabelereiro, manicure e culinária. Depois de 2014, a Agência Entre Rios não executou atividades até 2022, quando foi consultada para retomar suas atividades e ampliar sua área de atuação para todo Estado do Pará. Para isso, debateu-se com a Agência Entre Rios a recomposição de sua diretoria, e as mudanças estatutária, para ampliar a área geográfica e temática de atuação, e sua denominação. Para isso, fez-se uma Assembleia Geral Extraordinária em 2022, através da qual mudou-se sua denominação de Agência para Instituto de Desenvolvimento Sustentável da Amazônia – INDESA e ampliou-se a área de abrangência para todo o Estado do Pará. Nessa Assembleia também foram definidos novos objetivos estatutários para o INDESA como, por exemplo: o fomento de práticas solidárias de cooperação e respeito à diversidade; a prestação de serviços de assistência técnica para as áreas rural e urbana; a promoção de atividades de formação e capacitação; a promoção de ações de preservação e proteção dos recursos naturais; a execução de estudos, projetos e pesquisas; entre outras ações.